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Approche quantitative de la fonction de nourricerie des systèmes estuaires-vasières – Cas du bar européen dans cinq nourriceries du ponant – Estuaire de la Seine estuaire de la Loire…

Introduction générale et contexte scientifique (état de l’art).
1. Quelles sont les espèces fréquentant les systèmes estuaires-marais sales intertidaux de la façade ouest de la France et quelle est la dynamique de leur colonisation ?
1.1. Quelles sont les compositions spécifiques des différentes guildes fonctionnelles ? Existe-t-il des variations spatiales et/ou temporelles de la composition et de l’organisation des peuplements ?
1.2. Le type de milieu a-t-il une incidence sur l’organisation des peuplements ?
2. Comment caractériser la capacité d’accueil des différents types de milieux pour les juvéniles de l’année ?
2.1. Abondances et structure de populations
2.2. Croissance et performance de croissance
3. Comment caractériser le rôle trophique joué par les marais sales pour les juvéniles de bars en fonction des différents sites ?
3.1. À l’échelle d’une marée : les régimes alimentaires, des indicateurs instantanés
3.2. À l’échelle d’un mois ou d’une saison : les suivis des rapports isotopiques naturels
4. Comment montrer la fidélité des juvéniles de bars aux différentes nourriceries ?
4.1. Reconstitution de l’histoire de vie des juvéniles de bars : détermination des âges, histoire océanique et estuarienne (microstructure de l’écaille et de l’otolithe)
4.2. Formes, structures et utilisations des écailles de poissons
4.3. Formes, structures et utilisations des otolithes
4.4. Identification de contingent (signatures microchimiques)
5. Comment montrer la participation de ces contingents de juvéniles aux stocks côtiers de géniteurs ?
5.1. Utilisation des signatures microchimiques des otolithes
6. Plan de l’étude
Tome 1 – Étude comparée des peuplements de poissons de complexes estuariens de la façade ouest de la France
Première partie – Structuration des communautés de poissons des complexes estuaires/marais salés intertidaux de la façade ouest de la France
Chapitre 1 – Structuration du peuplement de poissons d’un petit complexe estuaire/marais salés enclave de la façade ouest de la France : la baie de Saint-Brieuc
1. Introduction
2. Matériel et méthode
2.1. Présentation du site d’étude
2.2. Échantillonnages
3. Résultats
3.1. Description générale du peuplement
3.1.1. Guildes écologiques (Elie et al. 1990 ; Keith et Allardi 2001)
3.1.2. Structuration des effectifs et de la biomasse
3.1.3. Structure démographique globale
3.2. Variations spatiales de la structure du peuplement
3.2.1. Site amont, clôture
3.2.2. Site aval, nature
3.2.3. Comparaison entre le site 1 et le site 2 : abondances numériques et pondérales
3.2.4. Comparaison entre le site 1 et le site 2 : comparaison de la structuration par guildes écologiques
3.3. Variations temporelles de la structure du peuplement
4. Discussion
4.1. Preferundum et guildes écologiques
4.2. Colonisation des marais salés et rôle trophique
4.3. Activités de gestion et perturbations des relations espaces-espèces
4.4. Variations temporelles de la structure du peuplement à micro-échelle
5. Conclusion
6. Remerciements
Chapitre 2 – Évolution des assemblages des espèces de poissons des marais macrotidaux de la baie du Mont-Saint-Michel 1998-2003
1. Introduction
2. Matériel et méthode
2.1. Présentation des sites d’étude
2.2. Échantillonnages
2.3. Évolution des populations échantillonnées
3. Résultats
3.1. Description générale du peuplement
3.1.1. Guildes écologiques (Elie et al. 1990)
3.1.2. Structuration des effectifs et de la biomasse
3.1.3. Structure démographique globale
3.2. Variations saisonnières du peuplement piscicole
3.2.1. Site du Polder Foucault, Le Ponton
3.2.2. Site du Polder Tesnière
3.3. Variations interannuelles
3.3.1. Le site du Ponton
3.3.2. Le site de Tesnière
3.4. Évolution de la composition globale du peuplement des deux sites depuis le processus invasif par le chiendent
3.5. Évolution de l’abondance de certaines espèces composant le peuplement de poissons
4. Discussion
4.1. État 2003 de l’assemblage piscicole des marais macrotidaux
4.2. Évolutions des relations espaces-espèces
4.3. La baie du Mont-Saint-Michel, une baie aux multiples contraints
5. Conclusion
6. Remerciements
Chapitre 3 – Les nourriceries ligériennes de Donges au banc de Pipy, état 2003
1. Introduction
2. Matériel et méthode
2.1. Présentation des sites d’étude
2.1.1. Échantillonnages et Conditions de chalutages
2.1.2. Traitements des captures et résultats
3. Résultats
3.1. Description générale du peuplement
3.1.1. Guildes écologiques (Elie et al. 1990)
3.1.2. Structuration des effectifs et des biomasses
3.1.3. Structure démographique globale
3.2. Analyse de la structuration temporelle des assemblages piscicoles
3.2.1. Abondances numériques
3.2.2. Abondances pondérales
3.3. Analyses de la structuration spatiale des assemblages piscicoles
3.3.1. Abondances numériques
3.3.2. Abondances pondérales
4. DISCUSSION
4.1. Peuplement de poissons, diversité et fonctionnalité estuarienne
4.2. Répartition du peuplement de poissons
5. Conclusion
6. Remerciements
Chapitre 4 – Impacts des modifications de la structure de la végétation des marais sales tidaux de l’Europe de l’ouest sur la fonction de nourricerie
1. Resume
1. Abstract
2. Introduction
3. Material and methods
3.1. Description of study sites
4.3. Temporal variations in the fish population of the Aiguillon bay
4.4. Spatial variations in the fish population of the Aiguillon bay
4.5. Composition of the fish population of the Mont-Saint-Michel bay
4.6. Seasonal comparison of the two fish populations (Aiguillon compared to Mont-Saint-Michel)
5. Discussion
5.1. The Aiguillon bay and the Mont-Saint-Michel bay, two models of nurseries
5.2. Management activities, disturbance and the nursery function of Aiguillon bay
5.3. Salt marshes, nursery function and colonising guilds
6. Conclusion
7. Acknowledgements
Seconde partie – application de la classification en guildes colonisatrices aux peuplements de poissons de quatre complexes estuaires/marais sales intertidaux de la façade ouest de la France
Guildes colonisatrices, contextes métaécosystémiques et colonisation des eaux de transition
1. Introduction
1.1. Tactiques et stratégies d’histoire de vie
1.2. Stratégies reproductrices
2. Matériel et méthode
2.1. Description de la méthodologie de définition des guildes colonisatrices (D’après Parlier et al. 2006)
2.2. Description des sites d’étude
2.3. Description du contexte métaécosystémique
3. Résultats
3.1. Guildes colonisatrices présentes dans les marais salés intertidaux
3.2. Utilisation des zones estuariennes et plasticités spécifiques
4. DISCUSSION
4.1. Plasticité spécifique et tactiques alternatives de colonisation des complexes estuariens
4.2. Pertinence de la classification en guildes colonisatrices (Parlier et al. 2006)
5. Conclusion
Tome 2 – Étude et caractérisation de la fonction de nourricerie de complexes estuariens de la façade ouest de la France pour le bar européen
1. Introduction
1.1. Description du cycle biologique du bar européen
1.2. Méthodologie de description de la fonction de nourricerie
Chapitre 1 – Variations régionales des performances de croissance et de fréquentation des nourriceries littorales par les bars juvéniles (Dicentrarchus labrax l. A.k.a. Morone labrax)
1. Introduction
2. Matériel et méthode
2.1. Caractéristiques des sites étudiés
2.1.1. Estuaire de la Seine
2.2. Autres sites
2.3. Comparaisons effectuées
3. Résultats
3.1. Première colonisation estuarienne
3.1.1. Analyse synchronique
3.1.2. Analyse diachronique
3.2. Phénologie et pérennité de la fréquentation
3.3. Abondances
3.3.1. Variations interannuelles intra site des abondances moyennes
3.3.2. Abondances maximales
3.4. Performances de croissance
4. Discussion
5. Conclusion
6. Remerciements
Chapitre 2 – Les marais salés contribuent-ils significativement à la croissance des bars de l’année (groupe 0) (Dicentrarchus labrax a.k.a. Morone labrax) ?
1. Introduction
2. Matériel et méthode
2.1. Sites d’étude
2.1.1. Protocole de capture et traitements des données
3. Résultats
3.1. Cinétique de colonisation
3.2. Contenus stomacaux
3.3. Rations instantanées
3.4. Analyses isotopiques
3.4.1. Description et évolution des signatures
4. Discussion
5. Conclusion
6. Remerciements
Chapitre 3 – Discrimination de quatre nourriceries de bars (Dicentrarchus labrax l.) de la façade ouest de la France par microchimie des otolithes
1. Résumé
2. Introduction
3. Matériel et méthode
3.1. Présentation du site d’étude
3.2. Extraction et préparation des échantillons
4. Résultats
4.1. Caractérisation de la population de juvéniles de bars européens
4.2. Analyses microchimiques des otolithes
5. Discussion
6. Conclusion
Chapitre 4 – Reconstitution de l’histoire de vie des jeunes bars (Dicentrarchus labrax l.) de quatre nourriceries littorales de la façade ouest de la France par otolithochronologie
1. Introduction
2. Matériel et méthode
2.1. Présentation du site d’étude
2.1.1. Localisation des sites de prélèvements
2.1.2. Caractéristiques des sites de prélèvements
2.2. Extraction et préparation des échantillons
2.2.1. Préparation des otolithes et détermination des âges
2.2.2. Mise en évidence des stries journalières
3. Résultats
3.1. Validation des stries journalières
3.2. Description de l’organisation des stries
3.3. Structure et origine des sillons
3.4. Comparaison des histoires de vie
3.5. Recrutement et gradient biogéographique
3.6Histoires de vie et colonisation intertidale
4. Discussion
4.1. Stries journalières et marques de stress
4.2. Histoires de vie et colonisation intertidale
5. Conclusion
6. Remerciements
Conclusion générale et perspectives
1. Étude des complexes estuaires/marais salés intertidaux de la façade ouest de la France
1.1. Objectifs de ce travail
1.2. Mise en perspective du travail de thèse
1.1.1. Étude des peuplements
1.1.2. Étude spécifique du bar européen
2. Perspective de travaux et conseils de gestion
2.1. Pérennité de telles études
2.2. Poursuite de travaux et perspectives
Littérature citée
Annexes
Annexe 1 : description de la phylogénie du bar européen